L'idée de Zarathoustra remonte chez Nietzsche aux premières années de son séjour à Bâle. On en retrouve des indices dans les notes datant de 1871 et 1872. Mais, pour la conception fondamentale de l'oeuvre, Nietzsche lui-même indique l'époque d'une villégiature dans l'Engadine en août 1881, où lui vint, pendant une marche à travers la forêt, au bord du lac de Silvaplana, comme "un premier éclair de la pensée de Zarathoustra", l'idée de l'éternel retour. Il en prit note le même jour en ajoutant la remarque: "Au commencement du mois d'août 1881 à Sils Maria, 6000 pieds au-dessus du niveau de la mer et bien plus haut encore au-dessus de toutes les choses humaines" (Note conservée). Depuis ce moment, cette idée ce développa en lui: ses carnets de notes es ses manuscrits des années 1881 et 1882 en portent de nombreuses traces et Le gai Savoir qu'il rédigeait alors contient "cent indices de l'approche de quelque chose d'incomparable". Le volume mentionnait même déjà (dans l'aphorisme 341) la pensée de l'éternel retour, et, à la fin de sa quatrième partie (dans l'aphorisme 342, qui, dans la première édition, terminait l'ouvrage), "faisait luire, comme le dit Nietzsche lui-même, la beauté des premières paroles de Zarathoustra".

La première partie fut écrite dans "la baie riante et silencieuse" de Rapallo près de Gênes, où Nietzsche passa les mois de janvier et février 1883. "Le matin je suis monté par la superbe route de Zoagli en me dirigeant vers le sud, le long d'une forêt de pins; je voyais se dérouler devant moi la mer qui s'étendait jusqu'à l'horizon; l'après-midi je fis le tour de toute la baie depuis Santa Margherita jusque derrière Porto-fino. C'est sur ces deux chemins que m'est venue l'idée de toute la première partie de Zarathoustra, avant tout Zarathoustra lui-même, considère comme type; mieux encore, il est venu sur moi" (jeu de mot sur er fiel mir ein et er überfiel mich). Nietzsche a plusieurs fois certifié n'avoir jamais mis plus de dix jours à chacune des trois premières parties de Zarathoustra: il entend par là les jours où les idées, longuement mûries, s'assemblaient en un tout, où, durant les fortes marches de la journée, dans l'état d'une inspiration incomparable et dans une violente tension de l'esprit, l'oeuvre se cristallisait dans son ensemble, pour être ensuite rédigée le soir sous cette forme de premier jet. Avant ces dix jours, il y a chaque fois un temps de préparation, plus ou moins long, immédiatement après, la mise au point du manuscrit définitif; ce dernier travail s'accomplissait aussi avec une véhémence et s'accompagnait d'une "expansion du sentiment" presque insupportable. Cette "oeuvre de dix jours" tombe pour la première partie sur la fin du mois de janvier 1883: au commencement de février la première conception est entièrement rédigée, et au milieu du mois le manuscrit est prêt à être donné à l'impression. La conclusion de la première partie (De la vertu qui donne) "fut terminée exactement pendant l'heure sainte où Richard Wagner mourut à Venise" (13 février).

Au cours d'un "printemps mélancolique" à Rome, dans une loggia qui domine la Piazza Barbarini, "d'où l'on aperçoit tout Rome et d'où l'on entend mugir au-dessous de soi la Fontanas", le Chant de la Nuit de la deuxième partie fut composé au mois de mai. La seconde partie elle-même fut écrite, de nouveau en dix jours, à Sils Maria, entre le 17 juin et le 6 juillet 1883: la première rédaction fut terminée avant le 6 juillet et le manuscrit définitif avant le milieu du même mois.

"L'hiver suivant, sous le ciel alcyonien de Nice, qui, pour la première fois, rayonna alors dans ma vie, j'ai trouvé le troisième Zarathoustra. Cette partie décisive qui porte le titre: "Des vieilles et des nouvelles Tables, fut composée pendant une montée des plus pénibles de la gare au merveilleux village maure Eza, bâti au milieu des rochers -".